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Les micro-organismes comme les bactéries, les champignons et les virus sont omniprésents dans l'environnement. Leur présence est, en partie, nécessaire pour l'amélioration  de certains produits (fermentation, maturation), mais elle n'est pas souhaitable lorsqu'elle est susceptible de véhiculer des maladies ou de provoquer la putréfaction ou la détérioration des produits. L'évaluation de la qualité de différents produits (exp : produits alimentaires) requiert une connaissance suffisante de leur état microbiologique. Cette évaluation est basée sur la connaissance et la maîtrise des différentes techniques de contrôle microbiologique.



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