Les plantes ligneuses sont vivaces et incluent les petits arbres, plantes et arbustes dont la tige est composée de bois (lignine). Selon l’espèce, la reproduction s’effectue par les semences (sexuées), de manière végétative (asexuée) ou les deux. La reproduction sexuée par voie semencière laisse le champ libre aux variations et au progrès de l’évolution. En revanche, la reproduction végétative pour but la reproduction identique des plantes possédant des caractères désirables. Les principales méthodes de multiplication végétative des ligneux sont la multiplication par bouturage de tiges ou des racines, le greffage, le marcottage et la micro propagation.


Les plantes n'ont pas de système immunitaire, comme celui des mammifères, mais elles ont un certain nombre de défenses physiques et chimiques. Par exemple, un épiderme épais, ou une couche de liège sur les tissus ligneux, fournissent une défense physique contre l'entrée des agents pathogènes. En outre, les plantes produisent un certain nombre de composés biochimiques qui peuvent être toxiques, ou qui inhibent la croissance d'agents pathogènes. Souvent, ce sont les différences dans ces défenses physiques et biochimiques qui forment la base de la résistance aux maladies chez les plantes.


Lors de l’infection, les agents pathogènes doivent prendre contrôle de leur hôte. Ils atténuent la réponse immunitaire et modifient la physiologie et le métabolisme de l’hôte afin d’échapper à ses défenses et profiter de ses ressources. Pour cela, ils sécrètent une multitude de protéines aux fonctions diverses qui ciblent un grand nombre de processus biologiques de l’organisme infecté. 

A l'instar de tous les organismes vivants, les plantes, qu'elles soient sauvages ou cultivées, sont sensibles à de nombreux virus : la classification actuelle fait état de trente-trois genres de virus affectant les plantes, répartis en neuf familles. L'impact des maladies virales, ou viroses, est très variable selon la gravité des symptômes provoqués et l'importance économique des plantes hôtes. Il est dû en grande partie à l'absence de moyens de lutte curatifs, ce qui explique l'essor de la prévention et des programmes d'obtention de variétés résistantes aux virus.

Une maladie cryptogamique, aussi appelée maladie fongique, est une maladie causée par des champignons. Ce nom provient de l'ancienne classification des champignons parmi les plantes cryptogames. Les maladies cryptogamiques représentent 90 % des affections des végétaux et touchent toutes les espèces: arbres, arbustes, plantes potagères, plantes ornementales, fleurs... Malheureusement, il n'existe pas de véritable traitement pour un bon nombre d'entre elles, si ce n'est d'éliminer les plantes ou les parties malades. La prévention alors (drainage du sol, rotation des cultures, ...) reste le seul moyen à envisager pour avoir une production indemne de champignons.


Le module de maladies des cultures traite les pathologies végétales. Egalement, la biologie des plantes et des agents pathogènes et leurs interactions dans leurs environnement. Ainsi, il étudie les moyens de lutte et de contrôle des maladies des plantes à la fois sur le terrain et après la récolte.


Les chapitres à évoquer sont:

Chapitre I: Objectifs et importance de la phytopathologie

Chapitre II: Notion d'étiologie et d'épidémiologie

Chapitre III: Maladies fongiques des cultures fruitières et maraîchères

Chapitre IV: Maladies bactériennes des cultures fruitières et maraîchères

Chapitre V: Maladies virales  des cultures fruitières et maraîchères

Chapitre VI: Mécanismes de pathogenèse

Chapitre VII: Interaction génétique entre la plante et leurs agents pathogènes