Les micro-organismes interagissent les uns avec les autres et peuvent être physiquement associés à d'autres organismes de diverses manières. Un organisme peut être situé à la surface d'un autre organisme en tant qu'ectobionte ou situé dans un autre organisme en tant qu'endobionte. 
L'interaction microbienne peut être positive comme le mutualisme, la protoco-opération, le commensalisme ou peut être négative comme le parasitisme, la prédation ou la compétition.
Ce cours permet de comprendre les différents mécanismes employés par les microorganismes pour interagir entre eux, avec leurs milieu ainsi qu'avec les différents êtres vivants (plantes, animaux et protozoaires)